Dans la CDS, les membres des gouvernements cantonaux en charge de la santé sont réunis dans un organe de coordination politique. La conférence a pour but de promouvoir la collaboration intercantonale, celle entre les 26 cantons et la Confédération et celle avec d'importantes organisations du domaine de la santé. La conférence et son Secrétariat central reposent sur le support juridique et financier des cantons.
Les décisions de la conférence ne sont contraignantes ni pour ses membres ni pour les cantons, mais ont valeur de recommandations. Font exception à cette règle les dispositions concernant l’ostéopathie. La conférence joue également un rôle important en tant que forum de discussion des directrices et directeurs de la santé ainsi qu'en tant qu'interlocutrice des autorités fédérales tout comme de nombreuses associations et institutions nationales.